コメント内容:お試しありがとうございます。>No.1さん
ご存じとは思いますがWindows Live Mailのフォルダとエクスプローラのフォルダとはドラッグ&ドロップでメールをコピーできます。
emlCheckを使って重複を削除したり、添付ファイルを削除したりするときはWindows Live Mailからエクスプローラの作業用フォルダに一旦メールを取り出し、そのフォルダ内で操作します。そしてWindows Live Mailに新しいフォルダを作って戻します。
結果が正しいことを確認した後、元のメールを削除すると安全でしょう。